La Biblioteca Francisco de Burgoa resguarda una colección de libros y manuscritos excepcionales y los pone a disposición de toda persona interesada.

Este acervo se conforma principalmente de libros que pertenecieron a los conventos de Oaxaca, la mayoría provienen del fondo bibliográfico de los dominicos, quienes interesados en su formación, tuvieron bibliotecas en sus diferentes conventos.

En la biblioteca existe una gran variedad de temas, no sólo religiosos, también políticos, de historia, geografía, medicina, arte, entre otros. Los libros que conforman el acervo se encuentran en diversas lenguas como latín, francés, castellano y alemán así como zapoteco, mixteco, mixe y náhuatl.